1、地理信息科学教育部重点实验室
华东师范大学地理信息科学教育部重点实验室成立于2003年，是我国最早开展地理信息理论与应用研究的机构之一。实验室面向国家和地方发展对现代地理信息科学与技术的迫切需求，着眼国际地理信息科学领域发展的前沿动向，坚持“立足上海、面向全国、接轨国际”的发展方向，围绕当前应对全球变化、构建和谐城市的时代目标，在地理信息获取与分析的技术和方法、城市自然地理与环境过程模拟和调控、全球变化观测模拟与应对等方面开展研究工作。
2、自然资源部超大城市自然资源时空大数据分析应用重点实验室
自然资源部超大城市自然资源时空大数据分析应用重点实验室面向自然资源领域重大改革和超大城市数字化转型的需求，开展以地理信息系统（GIS）、遥感（RS）、人工智能（AI）、大数据（BIGDATA）为核心的自然资源大数据关键技术的研究，为多种地理领域关键问题提供科学基础与技术支持。
3、教育部战略研究基地暨高等学校软科学研究基地-全球创新与发展研究院
全球创新与发展研究院成立于2009年，是专门从事科技创新战略与地缘安全战略研究的智库机构，对事关国家崛起和民族复兴等重大议题进行前瞻性和基础性研究，在教育部战略研究基地2015-2019年工作评估中获优秀。
4、教育部人文社会科学重点研究基地-中国现代城市研究中心
中国现代城市研究中心成立于2003年，依托人文地理学等国家重点学科开展城市研究，于2004年被教育部批准为我国普通高等学校人文社会科学重点研究基地，并在新一轮教育部评估中，进入全国前10%，获评“优秀”等级。
5、民政部重点研究基地-中国行政区划研究中心
中国行政区划研究中心成立于1990年，系民政部重点研究基地。中心依托地理学的学科基础，致力于以行政区划为基础的国家空间治理研究，从理论创新到实践开拓、从人才培养到学科建设，是我国最重要的行政区划专门研究机构。
6、国家级地理学虚拟仿真实验教学中心
国家级地球科学虚拟仿真实验教学中心提供多层次、多方法的虚拟仿真实验教学平台和典型实验项目。中心建立了先进的地球科学虚拟仿真实践教学理念、实践教学模式及配套的课程体系，搭建起面向本科教学的开放式信息化平台。
7、国家教材建设重点研究基地-中小学地理教材研究基地
中小学地理教材研究基地是教育部认定的国家教材建设重点研究基地，是国家级教材研究专业机构，服务于国家教育发展和教材建设重大战略。基地在教材建设研究等方面系统谋划，提升教材建设科学化专业化水平，服务教育强国建设。
8、上海高校“立德树人”人文社会科学重点研究基地-上海市地理教育教学研究基地
上海市地理教育教学研究基地是在上海市贯彻教育部“立德树人工程”精神，建设的上海高校“立德树人”人文社会科学重点研究基地。基地统筹全国与上海市高等学校地理相关人员，针对地理课程、教材、教学、评价领域，系统研究地理学科育人的理论与实践体系。
9、上海市软科学研究基地-上海市美国创新与发展研究中心
美国创新与发展研究中心是上海市科学技术委员会于2012年建设的软科学研究基地，为中央和地方重大战略决策及时提供智力支持，在上海市软科学研究基地2018-2020年和2021-2023年建设评估中均获评优秀。
10、上海市人民政府决策咨询研究基地曾刚工作室（方向：长三角区域一体化）
曾刚工作室是上海市人民政府发展研究中心、上海市哲学社会科学规划办公室与华东师范大学联合建设的上海市人民政府決策咨询研究基地领军人物工作室/上海市社会科学创新研究地，于2010年成立，2017年入选中国智库索引，2019年与澎湃新闻联合创办“长三角议事厅”入选2019年度CTTI智库最佳实践案例。
11、上海市人民政府决策咨询研究基地杜德斌工作室（方向：城市与区域创新）
杜德斌工作室成立于2018年，致力于打造为具有全球视野、多学科融合、专业化视角的科技与地缘战略研究思想库和智囊团，在上海市人民政府决策咨询研究基地2018-2020年工作评估中获得优秀。
12、上海高校智库-上海城市发展协同创新中心
上海城市发展协同创新中心智库于2013年设立，2019年获批上海高校智库(一类)，跻身30个上海市高校智库(一类)行列，开展上海卓越全球城市、长三角城市群发展共同体、长江经济带城市协同发展的深化研究，致力于建设一流学科、国家智库。
13、上海高校智库-全球创新与发展研究院
全球创新与发展研究院是上海高校智库，面向国家重大战略需求，对事关国家崛起和民族复兴等重大议题进行前瞻性和基础性研究，2019年，研究院被中国智库索引（CTTI）评为信息与科技类智库Top5，PAI总分值第二。
